Nació en 1851 en el callejón de Zorrilla de la ciudad de Cartagena hijo de Juan Manuel Peral y Torres e Isabel Caballero. Tuvo dos hermanos, alistados también en la Armada: Pedro (1849-1897), capitán de fragata; y Manuel (1862-1900), al mando del cañonero Leite durante la batalla de Cavite de 1898, y al que se formó consejo de guerra tras entregarse a los estadounidenses sin presentar combate, falleciendo unos años más tarde con el grado de teniente de navío.

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Como su padre siempre estaba destinado en algún punto de los territorios españoles, su madre Isabel no se arredró, y como los salarios no daban para mucho, envió el 9 de enero de 1860 una solicitud a la reina Isabel II, la cual concedió al joven Isaac, de tan solo ocho años, el título de aspirante de Marina y el derecho a utilizar el uniforme de la corporación, con el compromiso de ingresar en la Escuela Naval en cuanto alcanzara la edad pertinente.

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El 1 de julio de 1865 pasó el examen de acceso al Colegio Naval Militar de San Fernando, donde comenzó sus estudios, aplicándose por entero a la aritmética de Serret, la geometría de Rouché y Comberousse y al álgebra de Briot. Por su gran facilidad para aprender estas materias, el 26 de diciembre de 1866 se le dio el grado de guardiamarina de segunda clase, y de hecho sus compañeros llegaron a apodarlo «el profundo Isaac». Aparte de las mencionadas materias, se empapó de otras materias más propias de la náutica, como la construcción naval, maniobra, pilotaje, astronomía, historia naval, historia de España, mecánica, física y máquinas de vapor.

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El 21 de enero de 1867 embarcó por orden superior en la corbeta Villa de Bilbao,​ con la que realizó varios viajes y evoluciones. Al embarcar observó fondeada en las cercanías de la corbeta a la fragata Numancia, que había arribado a la bahía el 20 de septiembre anterior después de novecientos sesenta días de ausencia de la Península después de dar la primera vuelta al mundo de un buque acorazado.

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El 23 de abril de 1867, zarpó la corbeta, arribando el 26 del mismo mes al puerto de Málaga y visitando a continuación los de Santa Pola, Alicante, Rosas, Barcelona, Palma de Mallorca, Mahón y Cartagena. Allí tuvo oportunidad de poder visitar el último navío de línea español, el Isabel II, que permanecía de pontón en el arsenal, y de ver fondeadas juntas a las dos fragatas acorazadas, la Numancia, la Zaragoza que se encontraban junto a la de hélice Gerona, que por casualidad se habían reunido. Zarpó la corbeta de este Arsenal con rumbo al de Cádiz, arribando el 28 de abril, por lo que había permanecido en su navegación y visitas cincuenta días.

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A los pocos días, todos los guardiamarinas recibieron la orden de transbordar a la urca Santa María, un navío muy robusto preparado para largas navegaciones de altura a pesar de sus muchos años de servicio. Peral fue designado gaviero de la seca ó vega mayor del mesana, lo que le vino muy mal dado su físico endeble. Se hicieron a la mar el 20 de noviembre, no sin antes saludar al buque insignia, la fragata Almansa que se encontraba en la bahía y enarbolaba el gallardete del Almirante de la flota, realizando las salvas pertinentes.

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Una vez salió a alta mar, se arrumbó el buque con destino a las Canarias, pero por unos vientos contrarios les fue muy penosa la navegación, ya que estuvieron casi todo el viaje dando bordadas para coger el respectivo viento y seguir el marcado rumbo, lo que les hizo fondear en Santa Cruz de Tenerife el día 26 de noviembre. Zarparon de este puerto con rumbo al Sur, cruzaron por primera vez la línea del ecuador y prosiguieron su rumbo, que al igual que la vez anterior, los vientos parecían ir en contra de la urca, y cuando no, estos dejaban de soplar, por lo que se encontraban con calmas arduas de soportar en tan pequeño cascarón. Peral fue tomando notas de todo cuanto se encontraba en el viaje, así como hallando posiciones tanto diurnas como nocturnas, por lo que en ningún momento se encontró sin trabajo.

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Así continuó el viaje, que al principio transcurrió por las costas africanas, pasaron cerca de la isla Santa Elena, continuando su andar lento pero seguro, hasta cruzar al continente africano, y por sus costas, doblar el cabo de Buena Esperanza. Desde aquí se puso rumbo hasta arribar al fondeadero de Batavia, en Java, el 26 de abril de 1868. Al cabo de 48 horas volvieron a hacerse a la mar, con rumbo a las Filipinas, arribando al fondeadero de Manila el 14 de junio del mismo año, tras 201 días de navegación. La urca llegó en tan mal estado que hubo que ponerla en seco en el arsenal de Cavite, donde fueron reparadas y repasadas todas sus estructuras, tiempo que aprovechó Peral para conocer las islas.

Alistada de nuevo la urca, se volvió a hacer a la mar en viaje de retorno a la Península, no teniendo más remedio que regresar por donde habían llegado, ya que el canal de Suez aún no se había inaugurado. La navegación fue muy dura, con vientos contrarios y la mar agitada, lo que la convertía en una trabajosa experiencia, que Peral no desaprovechó, pues continuó trabajando en su diario. Era tal el retraso, que no se hizo escala hasta haber doblado el cabo de Buena Esperanza, arribando al peñón de Santa Elena el 20 de junio de 1869. Zarpando desde esta llegaron finalmente a la bahía de Cádiz el 22 de octubre de 1869.

 

Gracias al apoyo de la reina regente María Cristina, el submarino fue finalmente botado el 8 de septiembre de 1888. El buque medía 22 m de eslora, 2,76 m de puntal, 2,87 m de manga y desplazaba 77 tn en superficie y 85 tn en inmersión. La propulsión se obtenía de dos motores eléctricos de 30 caballos cada uno; la energía la suministraba una batería de 613 elementos. Incorporaba además un tubo lanzatorpedos, tres torpedos, periscopio, un sofisticado "aparato de profundidades", que permitía al submarino navegar en inmersión a la cota de profundidad deseada por su comandante y mantener el trimado del buque en todo momento, incluso tras el lanzamiento de los torpedos. Y todos los mecanismos necesarios para navegar en inmersión hacia el rumbo prefijado.

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Isaac Peral, saludando desde un balcón del hotel de Embajadores, dibujo de Juan Comba en La Ilustración Española y Americana, 1890.

 

Las pruebas oficiales se desarrollaron a lo largo de 1889 y 1890. Conviene resaltar que no se le concedió permiso para efectuar la prueba clave y más elocuente que había solicitado el propio inventor: atravesar sumergido el estrecho de Gibraltar, desde Algeciras hasta Ceuta. A pesar de lo cual, demostró en las pruebas que se verificaron que podía navegar en inmersión a la voluntad de su comandante, con el destino, rumbo y cota predefinidas y en mar abierto. Además, demostró que podía atacar, sin ser visto, a cualquier buque de superficie. La Comisión Técnica nombrada al efecto avaló el éxito de las pruebas del primer submarino de la historia. Sin embargo, oscuros intereses nunca aclarados motivaron que las autoridades del momento desecharan el invento y alentaran una campaña de desprestigio contra el inventor, al cual no le quedó más remedio que solicitar la baja en la Marina e intentar aclarar a la opinión pública la verdad de lo sucedido. Esto tras su fallecimiento dejaría a su familia en difícil situación económica.

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El 5 de noviembre de 1891 se licencia del servicio y es operado de cáncer en Madrid, pero se le impide publicar su manifiesto en ningún medio de comunicación. Finalmente, consiguió publicarlo, costeándoselo de su bolsillo, en el periódico satírico El Matute.

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Dedicado a la vida civil, consiguió fundar varias empresas con éxito, relacionadas con su especialidad: el aprovechamiento de la energía eléctrica. Ejemplo de estas fue la Compañía Termoeléctrica de Manzanares (Ciudad Real), fundada junto al marqués de Salinas.

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El 4 de mayo de 1895, Peral se traslada a Berlín para ser operado de cáncer, pero un descuido en las curas le producen una meningitis que acaba con su vida el 22 de mayo. El 11 de noviembre de 1911, sus restos mortales son trasladados desde el cementerio de La Almudena de Madrid al cementerio de Los Remedios de Cartagena, su ciudad natal.

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